พื้นที่ตั้งสำนักงานของมูลนิธิสถาบันครูบาเจ้าศรีวิชัย อยู่ที่บริเวณเชิงดอยสุเทพใกล้น้ำตกห้วยแก้ว ตรงข้ามกับลานอนุสาวรีย์ครูบาเจ้าศรีวิชัย บนเนื้อที่ ๑,๑๑๙ ตารางวา โฉนดรวม ๓ ผืน เดิมเป็นพื้นที่ของเอกชน แต่ความที่บริเวณนี้ในอดีตเคยเป็นสถานที่ที่มีความสำคัญทางประวัติศาสตร์เกี่ยวข้องกับ “ครูบาเจ้าศรีวิชัย” เคยใช้เป็นศูนย์รวมศรัทธา โรงครัวเก็บเสบียงอาหารที่ศรัทธาสาธุชนนำมาถวายทาน และโรงเก็บเครื่องมือเครื่องใช้สำหรับการก่อสร้าง ในระหว่างการสร้างถนนขึ้นสู่พระธาตุดอยสุเทพ เมื่อปี พ.ศ. ๒๔๗๗
มูลนิธิสถาบันครูบาเจ้าศรีวิชัย ถือกำเนิดขึ้นจากพลังศรัทธาอันแรงกล้า ของพี่น้องประชาชนในจังหวัดเชียงใหม่และใกล้เคียง ที่มีความประสงค์จะเชิดชูเกียรติ ครูบาเจ้าศรีวิชัย นักบุญแห่งล้านนา ให้สาธารณชนได้รับทราบถึงประวัติ คุณงามความดี ปฏิปทาและวัตรปฏิบัติอันดีงาม เพื่อเป็นแรงบันดาลใจให้อนุชนรุ่นหลังได้ยึดถือเป็นแบบอย่าง เริ่มต้นจากนายเฉลิมชัย วรวุฒิพุทธพงศ์ นายเวียง ขวัญอ้นอินทร์ นายชัดชาญ เอกชัยพัฒนกุล ฯลฯ โดยมี นายชัยวัฒน์ สุวิทย์ศักดานนท์ บริจาคเงินทุนจดทะเบียนก่อตั้งมูลนิธิเป็นจำนวน ๒๐๐,๐๐๐.๐๐ บาท (สองแสนบาทถ้วน) เมื่อวันที่ ๒๐ มิถุนายน พ.ศ. ๒๕๕๗ โดยมีเลขทะเบียนที่ ชม ๔๕๓ ต่อมานายอุทัต สุวิทย์ศักดานนท์ ได้ให้การอนุเคราะห์ยืมเงินจำนวน ๕๑,๐๐๐,๐๐๐.๐๐ บาท (ห้าสิบเอ็ดล้านบาทถ้วน) โดยไม่มีค่าตอบแทนเป็นดอกเบี้ยและไม่จำกัดระยะเวลาการชำระคืน เพื่อจัดซื้อที่ดินแปลงดังกล่าว เมื่อวันที่ ๑๔ สิงหาคม พ.ศ. ๒๕๕๗
จากนั้นได้นำเรื่องมาหารือกับคณะบุคคลหลายฝ่ายทั้งของจังหวัดเชียงใหม่และลำพูน โดยมีพระเถระเป็นที่ปรึกษาหลายรูป มูลนิธิได้นิมนต์พระธรรมมังคลาจารย์ วิ. (ทอง สิริมงฺคโล) วัดพระธาตุศรีจอมทองวรวิหาร เป็นองค์ประธานอุปถัมภ์ และได้รับการสนับสนุนจากคณะสงฆ์ในเขตจังหวัดภาคเหนือตอนบนอีกหลายรูป ส่วนฝ่ายฆราวาสได้ระดมพลังศรัทธาของคณะบุคคลจากหลายภาคส่วนและหลากสาขาอาชีพ อาทิ นักธุรกิจ ข้าราชการ นักวิชาการ นักกฎหมาย สถาปนิก วิศวกร ศิลปิน ฯลฯ จำนวนมาก ให้เข้ามามีส่วนร่วมในการก่อตั้งมูลนิธิสถาบันครูบาเจ้าศรีวิชัยจนสำเร็จลุล่วง
มูลนิธิสถาบันครูบาเจ้าศรีวิชัย ได้กำหนดให้วันที่ ๘ พฤศจิกายน พ.ศ. ๒๕๕๗ เป็นวันวางศิลาฤกษ์ของมูลนิธิฯ เนื่องจากมีความสัมพันธ์กับห้วงเวลาที่ครูบาเจ้าศรีวิชัยได้ประกอบพิธีลงจอบแรก ในการสร้างถนนขึ้นสู่พระธาตุดอยสุเทพ เมื่อวันที่ ๙ พฤศจิกายน พ.ศ. ๒๔๗๗ ถือเป็นวันสำคัญทางประวัติศาสตร์ที่ยังคงอยู่ในความทรงจำของชาวล้านนา ในวันวางศิลาฤกษ์นั้น พระธรรมมังคลาจารย์ วิ. (ทอง สิริมงฺคโล) เป็นประธานฝ่ายสงฆ์ นายชูชาติ กีฬาแปง ผู้ว่าราชการจังหวัดพะเยา และนายณรงค์ อ่อนสอาด ผู้ว่าราชการจังหวัดลำพูน เป็นประธานฝ่ายฆราวาส